设计风格：模板网站通常采用预先设计好的模板，用户可以从中选择自己喜欢的模板，然后进行内容的填充和修改。定制网站则是根据用户的需求和要求进行设计，可以更加贴合用户的品牌形象和风格。

灵活性：模板网站的灵活性相对较低，用户只能在预设的模板中进行修改和填充，无法进行大规模的修改。而定制网站则可以根据用户的需求进行大规模的修改和调整，灵活性更高。

用户体验：定制网站通常会更加注重用户体验，根据用户的需求进行设计，使用户更容易找到所需的信息和功能。而模板网站则可能因为模板设计的局限性，使得用户体验不如定制网站。

成本：模板网站的建设成本相对较低，因为模板已经预先设计好了，用户只需要进行内容的填充和修改即可。而定制网站的建设成本相对较高，因为需要根据用户的需求进行设计和开发。

安全性：定制网站是由专业的网站建设公司为客户定制网站的系统程序代码，可以百分百负责定制的系统开发，可以负责网站上的开发代码安全性。而模板网站则可能存在因为模板设计的局限性，使得用户体验不如定制网站。